Schon während am Anfang der ''The Next Generation'' betätigte interessierte sich Frakes laut [[Rick Berman]] für die Regiearbeit, so dass man für ihn einen eigenen Kurs einrichtete, so dass er nach eineinhalb Jahren von TNG bei seiner ersten Episode( Datas Nachkomme) Regie führen konnte.([[The Making of Star Trek: Der Aufstand]]). Danach war er des öfteren auch als Regisseur einzelner Episodentätig. Später führte er auch bei {{film|8}}, sowie bei {{film|9}} Regie. Wegen seiner effizienten Regieführung in ''Star Trek: Der Erste Kontakt'' erhielt er den Spitznamen „Two-Takes“ Frakes. Über seine Leistungen äußerte sich auch [[Daniel Hugh Kelly]], der den Ba'ku-Dorfältesten [[Sojef]] spielte. Er hatte schon 15 Jahre vorher in ''Nussknacker'' (einer Miniserie) mit Jonathan Frakes zusammengearbeitet und sagte über den Regisseur: <q>Schauspieler sind mit Abstand die besten Regisseure. Ich bin sehr beeindruckt von Jonathan.</q> ([[The Making of Star Trek: Der Aufstand]])