In den folgenden Wochen wird primär von der [[Sternenflotte]] die Erforschung des Gamma-Quadranten betrieben, doch auch andere Mächte des Alpha-Quadranten entsenden [[Expedition]]en oder gründen im Gamma-Quadranten [[Kolonie]]n. Die [[Ferengi]] sehen im Gamma-Quadranten eine Möglichkeit , neue Profite zu gewinnen. ({{DS9|Die Nachfolge|Meuterei}})

[[2370]] hört der [[Großer Nagus|Große Nagus]] [[Zek]] von einer Großmacht, welche als das [[Dominion]] bezeichnet wird. Zek hofft auf profitable Geschäfte mit dem Dominion. Er versucht mit Hilfe , mithilfe von [[Quark]] über eine [[Spezies]] namens [[Dosi]] Kontakt mit dem Dominion herzustellen. Zu diesem Zweck schickt der Große Nagus Quark zu den Dosi, um dort mit ihnen über die Lieferung von [[Tulabeerenwein]] zu verhandeln. Dabei verlangt er aber eine zu große Menge an Tulabeerenwein, welche die Dosi nicht beschaffen können und lässt somit Quarks Verhandlungen absichtlich scheitern. Quark erfährt allerdings von den Dosi, dass er diese Menge an Tulabeerenwein von den [[Karemma]], einem Mitglied des Dominions , kaufen kann. Diese Information gibt Quark an Zek weiter , und der stellt erste Geschäftsverhandlungen mit den Karemma und dem Dominion her. ({{DS9|Profit oder Partner}})

Aufgrund des aktiven Flugverkehrs durch das Wurmloch wird das Dominion auf die Besucher aus dem Alpha-Quadranten aufmerksam. Das Dominion beginnt damit , Informationen über den Alpha-Quadranten zu sammeln. Mit der Zeit erhält das Dominion Informationen über dort einheimische Spezies und ihrer Kulturen, aber auch über das politische Geschehen im Alpha-Quadrant, wie etwa die Einrichtung der [[Entmilitarisierte Zone|Entmilitarisierten Zone]] zwischen den [[Cardassianer]]n und der Föderation. Da das Dominion kein weiteres Eindringen in seinen Raum wünscht, beginnt das Dominion dem ein Ende zu setzen. ({{DS9|Der Plan des Dominion}})

Zu der Zeit befinden sich Commander Sisko, sein Sohn [[Jake Sisko|Jake]], Quark und sein Neffe [[Nog]] auf einem Planeten im Gamma-Quadranten, um diesen zu erforschen. Während Sisko und Quark am Abend auf eine Fremde, welche sich [[Eris]] nennt , treffen, werden sie plötzlich von den Jem'Hadar angegriffen und entführt. Sisko, Quark und Eris sind nun Gefangene des Dominions und werden von den Jem'Hadar verhört. Währenddessen erscheint bei Deep Space 9 ein [[Jem'Hadar-Angriffsjäger]] , und der Jem'Hadar [[Talak'talan]] beamt sich auf die [[Operations Center|OPS]] der Station. Talak'talan informiert die [[Führungsoffizier]]e darüber, dass das Dominion keine Einmischung mehr wünscht und die Durchreise durch das Wurmloch unterbinden will. Um dies zu bekräftigen , übergibt Talak'talan eine Liste von Schiffen , welche vom Dominion vernichtet worden sind , und Talak'talan bestätigt auch, dass Neu Bajor von den Jem'Hadar ausgelöscht worden ist. Des weiteren bestätigt Talak'talan, dass sich Commander Sisko in der Gewalt des Dominons befindet. Darauf beamt sich Talak'talan von der Station.

Als Folge dieser Warnung, wird vorerst jeglicher Verkehr durch das Wurmloch in den Gamma-Quadranten eingestellt. Im Auftrag der Sternenflotte fliegt die [[USS Odyssey|USS ''Odyssey'']], unter dem [[Kommando]] von [[Captain]] [[Keogh]] in den Gamma-QuadrantQuadranten, um Sisko, Quark und die Jungen zu retten. Die Führungsoffiziere von Deep Space 9 unterstützen die ''Odyssey'' mit den zwei [[Runabout]]s der [[USS Mekong|USS ''Mekong'']] und der [[USS Orinoco|USS ''Orinoco'']] bei dieser Befreiungsaktion. In der nähe Nähe des Planeten wird die Föderationsflotte von drei Jem'Hadar-Angriffsjägern angegriffen. Die ''Odyssey'' wird bei diesem Gefecht schwer beschädigt, da die feindlichen Schiffe mit ihren [[Polaronwaffe]]n in der Lage sind , die [[Schutzschild|Schilde]] der Sternenflottenschiffe zu durchdringen. Inzwischen gelingt es Sisko, Quark und Eris , den Jem'Hadar zu entkommen , und sie werden an Bord eines der Runabouts gebeamt. Zur gleichen Zeit stürzt sich unerwartet einer der Angriffsjäger in die ''Odyssey'' , und diese wird dabei so schwer beschädigt, dass die ''Odyssey'' schließlich explodiert. Nach der Rückkehr in den Alpha-Quadranten enttarnt Quark Eris als [[Spion]]in des Dominions. Sisko erkennt den Plan des Dominions, dass Eris in den Alpha-Quadrant gelangen und diesen dort ausspionieren soll. Als Eris enttarnt wird, beamt sich diese mit den Worten an Sisko, dass er keine Ahnung hat , was gerade begonnen hat, von Deep Space 9. Sisko plant darauf sich auf einen Angriff des Dominions vor zu bereitenvorzubereiten. ({{DS9|Der Plan des Dominion}})

In den folgenden Wochen werden auf Deep Space 9 Simulation durchgeführt, wie schnell das Dominion die Station übernehmen kann. Doch die Ergebnisse fallen alle sehr schlecht aus. Zu der Zeit begibt sich Sisko, wegen der Bedrohung durch das Dominion zur [[Erde]]. Zum besseren Schutz von Bajor und Deep Space 9 bekommt Sisko [[2371]] das experimentelle Kampfschiff [[USS Defiant (NX-74205)|USS ''Defiant'']] von der Sternenflotte zugewiesen. Die ''Defiant'' verfügt über eine [[Tarnvorrichtung]] der [[Romulaner]], die im Gegenzug mit allen gesammelten Informationen bezüglich des Dominion versorgt werden wollen. Sisko bekommt von der Sternenflotte den Auftrag , mit der ''Defiant'' in den Gamma-Quadrant zu fliegen, um Kontakt mit den [[Gründer]]n aufzunehmen. Da Quark bereits Verhandlungen mit den Karemma, einem Mitglied des Dominions durch geführt , durchgeführt hat, zwingt ihn Sisko , ihn auf dieser Mission zu begleiten, um so Kontakt mit den Dominion herstellen zu können. Mit Hilfe der Karemma erfährt Sisko von einer [[Kommunikation]]srelaisstation auf [[Callinon VII]], mit der die Karemma Kontakt mit den Gründern auf nehmenunterhalten. Jadzia Dax und [[Chief]] [[Miles O'Brien]] beamen darauf auf die Relaisstation, werden dort allerdings gefangen genommen. Da sich mehre Jem'Hadar-Angriffsjäger dem Planeten nähren, ist Sisko gezwungen , Dax und O'Brien auf den Planeten zurück zulassenzurückzulassen. Wenig später wird die ''Defiant'' von drei Jem'Hadar-Angriffsjägern angegriffen und dabei schwer beschädigt. Die Jem'Hadar beamen sich an Bord und überwältigen dort die Crew. Nur [[Kira Nerys]] und [[Odo]] können mit einem [[Shuttle]] entkommen. Odo steuert das Shuttle zu einem Planeten im [[Omarion-Nebel]]. Auf der Oberfläche trifft Odo zum ersten Mal auf seine Spezies. ({{DS9|Die Suche, Teil I}})

Zur selben Zeit befinden sich die Führungsoffiziere der ''Defiant'' in der Gewalt des Dominions. Die [[Gründer]] versuchen , in einer Simulation heraus zu finden, wie viel die Föderation für den Frieden bereit ist zu Opfernopfern. In dieser Simulation will das Dominion die Kontrolle über Bajor übernehmen, aber Sisko und seine Führungsoffiziere sind nicht bereit , dies zu zulassen zuzulassen und sind sogar dazu bereit , das Wurmloch zu verschließen, um eine [[Invasion]] des Dominions zu verhindern. Odo und Kira finden inzwischen heraus, dass Odos Spezies, bestehend aus [[Formwandler]]n, Sisko und seine Führungsoffiziere gefangen halten. Odo und Kira befreien darauf die Führungsoffiziere und diese erkennen, dass die vergangenen Ereignisse nur eine Simulation gewesen sind. Odo vermutet darauf, dass seine Spezies Mitglied des Dominions ist. Aber die Formwandler widerlegen diese Aussage sondern , indem sie erwidern, dass sie das Dominion und somit ihre Gründer sind. Odo entschließt sich darauf , nicht bei seinem Volk zu bleiben, sondern kehrt mit der ''Defiant'' in den Alpha-Quadrant zurück. ({{DS9|Die Suche, Teil II}})

Wenige Wochen später kauft Quark die [[Trümmer]] eines Schiffswracks aus dem Gamma-Quadrant. Allerdings befindet sich in dem Wrack ein [[Baby]], dessen Spezies unbekannt ist. Nach [[Doktor]] [[Julian Bashir]] ist das Baby gesund, weist allerdings einen erhöhten [[Stoffwechsel]] auf. Doch das Baby entwickelt sich innerhalb von drei Tagen zu einem ausgewachsenen Jem'Hadar. Anhand dieses Jem'Hadar-Jungen findet Bashir heraus, dass die Dominion-Soldaten [[Genetik|genetisch]] gezüchtet werden und dass sie von einer [[Droge]] namens [[Ketracel-White]] abhängig sind, sobald sie ein gewisses Alter erreicht haben. Wie alle Jem'Hadar , ist auch dieser sehr aggressiv, aber Odo versucht , dem Jungen zu helfen, friedfertig zu werden. Als Odo allerdings damit scheitert, befiehlt die Sternenflotte Sisko, den Jungen zur [[Sternenbasis 201]] zu bringen, damit der Junge dort analysiert werden kann. Da Odo nicht will, dass der Junge als Versuchsobjekt endet oder sogar getötet wird, bringt Odo den Jungen in den Gamma-Quadrant zum Dominion zurück. ({{DS9|Der Ausgesetzte}})

Einige Wochen später besucht eine Delegation der Romulaner Deep Space 9. Die Romulaner wollen die gesammelten Informationen der Föderation, welche diese in den letzten Monaten über das Dominion gesammelt hat. Diese Daten fordern die Romulaner im Austausch gegen die Tarnvorrichtung der ''Defiant''. Die Romulaner sehen im Dominion die größte Gefahr für den Alpha-Quadranten in den letzten 100 Jahren. Die Romulaner erhalten von Commander Sisko und Major Kira sämtliche Informationen über das Dominion. Doch die Romulaner sehen trotz dieser Daten nur eine Möglichkeit den Alpha-Quadrant vor dem Dominion zu schützen. Die Romulaner planen nun einen Angriff auf Deep Space 9 und das Wurmloch, damit das Dominion nicht in den Alpha-Quadranten eindringen kann. Dabei planen die Romulaner, dass es nach einer Instabilität des Wurmloches aussieht, welche für diese Katastrophe verantwortlich ist. Die Romulaner können jedoch Dank dank der Hilfe von Chief O'Brien aufgehalten werden, der durch eine [[Strahlenverseuchung]] zeitweise [[Zeitreise|temporale Sprünge]] durchlebt. ({{DS9|Der Visionär}})

Aus Angst vor dem Dominion beginnt der [[Obsidianischer Orden|Obsidianische Orden]] , heimlich eine [[Flotte]] aufzubauen. Dabei verfolgen sie das Ziel, die Gründer zu vernichten, bevor das Dominion [[Cardassia]] angreifen kann. Die Schiffe der [[Keldon-Klasse|''Keldon''-Klasse]] werden unentdeckt im [[Orias-System]] gebaut, ohne dass das [[Cardassianisches Zentralkommando|cardassianische Zentralkommando]] etwas davon mitbekommt. ({{DS9|Defiant}})

Nach dem Scheitern des Anschlags auf das bajoranische Wurmloch beginnt auch der romulanische [[Geheimdienst]] [[Tal Shiar]] , gegen das Dominion aufzurüsten, und nach geheimen Verhandlungen mit [[Enabran Tain]], dem Leiter des Ordens, schließen sich beide Geheimdienste zusammen. Allerdings erfahren die Gründer von dem Vorhaben der Cardassianer und der Romulaner , und sie schicken einen [[Wechselbalg]], in der Gestalt von [[Colonel]] [[Lovok]] zu den Romulanern. [[Lovok (Gründer)|Lovok]] fördert den Angriff auf die [[Heimatwelt der Gründer|Heimatplaneten der Gründer]], damit dort die Flotte der Cardassianer und der Romulaner in eine Falle des Dominions gerät.

Der Tal Shiar stattet die cardassianische Flotte mit Tarnvorrichtungen aus , und schließlich steht eine Flotte von 20 Raumschiffen für den Angriff auf die Heimatwelt der Gründer bereit. Die beiden Geheimdienste wollen dort die [[Große Verbindung]] mit einem vernichtenden Schlag auszuschalten, damit das Dominion destabilisiert wird und somit keine Bedrohung mehr für den Alpha-Quadranten darstellt. ({{DS9|Der geheimnisvolle Garak, Teil I}})

Die Flotte enttarnt sich bei Deep Space 9 ,und Commander Sisko meldet darauf der Sternenflotte die Invasion auf das Dominion. Kurze Zeit später schickt Tain eine Erklärung über seinen Angriff und seine Ziele, an alle Großmächte im Alpha-Quadrant. Das cardassianische Zentralkommando will allerdings nichts mit diesen Angriff zu tun haben, da es sich hier um eine Operation des Obsidianischen Ordens handelt.

Zu der Zeit befinden sich auch Odo und [[Elim Garak]] auf dem Schiff von Lovok. Garak bekommt von Tain den Auftrag , Odo zu verhören, damit dieser alle mögliche Informationen über die Heimatwelt der Gründer bekommen. Doch Garak bekommt keine dazu relevanten Informationen von Odo. Die einzige Information, welche Garak bekommt, ist das , dass Odo zu seinen Volk zurück will. Inzwischen beginnt Sisko , mit der ''Defiant'' die Flotte zu verfolgen, um Odo und Garak aus der Gewalt der Cardassianer und der Romulaner zu befreien.

Währenddessen erreichen die Flotten der Romulaner und der Cardassianer die Heimatwelt der Gründer und beginnen , auf die Oberfläche zu feuern. Doch anhand der Werte, welche von der Oberfläche gesammelt werden, erkennt Tain, dass es sich um eine Falle des Dominions handelt. Plötzlich tauchen 150 Jem'Hadar-Angriffsjäger auf und greifen die Flotte der Cardassianer und der Romulaner an. Die Romulaner und die Cardassianer sind im diesen Kampf den Jem'Hadar unterlegen , und viele Schiffe werden vernichtet.

Inzwischen gelingt es Garak und Odo zu fliehen , und die beiden erhalten unerwartet Hilfe von Lovok. Lovok enttarnt sich darauf als Gründer und erklärt Odo die Falle des Dominions. Der Gründer bietet Odo an, ihn mit nach Hause zu nehmen, aber Odo lehnt das Angebot ab. Darauf beamt sich Lovok von Bord. Odo und Garak fliehen mit ihren ihrem Runabout, als plötzlich dieses von den Jem'Hadar angegriffen wird. In dem Moment enttarnt sich die ''Defiant'' und beamt die beiden an Bord. Die ''Defiant'' kann der Schlacht entkommen , und die Besatzung kann nur mit ansehen , wie die Flotte der Cardassianer und Romulaner von den Jem'Hadar vernichtet wird. ({{DS9|Der geheimnisvolle Garak, Teil II}})

Die Überlebenden überlebenden Cardassianer und Romulaner, darunter auch Tain, werden vom Dominion inhaftiert und in das [[Internierungslager 371]] gebracht. ({{DS9|Die Schatten der Hölle}})

Nach diesen Konflikt sind nun die Romulaner und Cardassianer stark geschwächt , und es gibt dadurch nur noch zwei ernstzunehmende Gefahren für die Gründer, die Föderation und die Klingonen. ({{DS9|Der geheimnisvolle Garak, Teil II}})

Ende 2371 versuchen die Gründer , die Föderation zu schwächen und einen Krieg zwischen der Föderation und den [[Tzenkethi]] aus zu lösenauszulösen. Der [[Botschafter]] [[Krajensky]] wird durch [[Krajensky (Gründer)|einen Formwandler]] ersetzt. Dieser berichtet darauf dem frisch [[Beförderung|beförderten]] Captain Sisko von einem Regierungswechsel auf der Heimatwelt der Tzenkethi. Darauf begibt sich Sisko mit dem Botschafter an Bord der ''Defiant'' in den [[Raum der Tzenkethi]]. Während des Fluges zu den Tzenkethi sieht es so aus, als ob diese eine Kolonie der Föderation angreifen , und aus der diplomatischen Mission wird ein Kampfeinsatz. Inzwischen entdeckt Chief O'Brien, dass an Bord der ''Defiant'' Sabotage betrieben worden ist. Bei der Untersuchung stellt sich heraus, dass Krajensky in Wirklichkeit ein Wechselbalg ist und nun die Kontrolle über die ''Defiant'' hat und damit die Heimatwelt der Tzenkethi angreifen und somit einen Krieg aus lösen auslösen will. Darauf beginnt die Jagd auf dem den Wechselbalg an Bord der ''Defiant''. Doch diesem gelingt es immer wieder zu entkommen. Um einen Krieg zu verhindern , aktiviert Sisko die [[Selbstzerstörung]] der ''Defiant''. Zur selben Zeit gelingt es O'Brien , die Sabotage des Wechselbalgs zu beheben, als plötzlich Odo und der Wechselbalg auftauchen. Es kommt zwischen den beiden zu einen Kampf , und Odo stößt den Wechselbalg in den [[Warpkern]]. Kurz bevor der Wechselbalg stirbt, informiert dieser Odo, dass die Gründer die Föderation bereits infiltriert haben und überall sind. ({{DS9|Der Widersacher}})

Nachdem der Plan gescheitert ist, einen Krieg zwischen der Föderation und den Tzenkethi aus zu lösenauszulösen, planen die Gründer nun , einen Bruch der Allianz zwischen der Föderation und den Klingonen herbei zu führenherbeizuführen. Aus diesem Grund wird der klingonische [[General]] [[Martok]] vom Dominion entführt und durch einen [[Martok (Gründer)|Wechselbalg]] ersetzt. Zur gleichen Zeit kommt es auf Cardassia, nach dem Fall des obsidianischen Ordens zu einem [[Aufstand auf Cardassia (2372)|Aufstand]]. Das militärische Zentralkommando wird durch eine zivile [[Regierung]] , den [[Detapa-Rat]], ersetzt. Der falsche Martok überzeugt darauf den klingonischen [[Klingonischer Kanzler|Kanzler]] [[Gowron]], dass die Gründer für diesen Regierungswechsel verantwortlich sind. Darauf begibt sich Martok, auf Befehl von Gowron, mit einer klingonischen Flotte nach Deep Space 9, um dort eine Invasion auf Cardassia zu beginnen. ({{DS9|Der Weg des Kriegers, Teil I|Die Schatten der Hölle}})

Auf Deep Space 9 finden gerade Übungen, wegen einer Infiltration der Gründer auf der Station statt, als sich die Flotte von Martok enttarnt. Martok berichtet Sisko, dass die Klingonen sich auf eine Invasion des Dominions vorbereitet, doch Sisko versucht , Martok zu beruhigen, da das Kommunikationsrelais im Gamma-Quadrant, keine Dominion-Aktivitäten in der Nähe des Wurmloches gescannt haben. Die Klingonen beginnen darauf , Personen und Schiffe in der nähe Nähe von Deep Space 9 zu kontrollieren. Da Sisko immer noch nicht weiß, was die Klingonen wirklich wollen und er auch langsam die Kontrolle über diese verliert, lässt dieser [[Lieutenant Commander]] [[Worf]] nach Deep Space 9 beordern. Worf erfährt dort von einem befreundeten Offizier, dass Martok mit den Klingonen eine Invasion von Cardassia plant. Sisko konfrontiert darauf Martok mit dieser Invasion und erklärt, dass sich die Föderation nicht an dieser Invasion beteiligen wird. Sisko sieht durch diese Invasion die Allianz zwischen der Föderation und den Klingonen in Gefahr. Martok berichtet dies darauf Gowron , und die klingonische Flotte bricht sofort zur Invasion von Cardassia auf. Sisko gelingt es aber , heimlich über Garak die Cardassianer über die Invasion der Klingonen zu warnen , und die Cardassianer beginnen die klingonischen Angreifer abzuwehren. Die Föderation verurteilt den Angriff der Klingonen auf die Cardassianer. Als Reaktion kündigt Gowron sämtliche diplomatischen Kontakte zwischen der Föderation und den Klingonen und widerruft sogar das [[Erstes Khitomer-Abkommen|Khitomer-Abkommen]]. ({{DS9|Der Weg des Kriegers, Teil I}})

Als die Klingonen die cardassianischen Verteidigungslinien durchbrechen, beschließt Sisko , die Mitglieder des Detapa-Rat vor den Klingonen nach Deep Space 9 in Sicherheit zu bringen. Die ''Defiant'' begibt sich in den von Klingonen besetzten cardasssianischen Raum. Die ''Defiant'' erreicht schließlich die schwer beschädigte [[Prakesh|''Prakesh'']], welche die Ratsmitglieder transportiert. Doch die ''Prakesh'' wird von mehren klingonischen Schiffen angegriffen. Sisko ist darauf gezwungen , die Klingonen anzugreifen , und während des Kampfs werden die Ratsmitglieder an Bord der ''Defiant'' gebeamt. Nachdem sich die Ratsmitglieder an Bord der ''Defiant'' befinden, fliegt diese zurück nach Deep Space 9. An Bord der ''Defiant'' führt Doktor Bashir einige Blutuntersuchungen durch und kann beweisen, dass die Ratsmitglieder keine Wechselbälger sind. Die ''Defiant'' kehrt zur Station zurück, doch dort wird diese von der klingonischen Flotte erwartet. Martok und Gowron fordern die Auslieferung der Ratsmitglieder, obwohl Sisko beweisen kann, dass diese keine Gründer sind. Doch Gowron fordert trotzdem die Auslieferung, als . Als Sisko sich aber weigert, greifen die Klingonen Deep Space 9 an. Da man sich auf Deep Space 9 auf eine Invasion des Dominions vorbereitet hat, wurde die Station im vergangenen Jahr waffentechnisch aufgerüstet. Bei dem Kampf verlieren die Klingonen viele Schiffe, dennoch durchbrechen diese die Schilde der Station. Die Klingonen beamen an Bord der Stationen, können dort aber von den Sicherheitskräften der Föderation und Bajoraner in Schacht Schach gehalten werden. Als die Verstärkung der Sternenflotte eintrifft, fordert Sisko Gowron auf, den Angriff ab zu brechenabzubrechen. Sisko erinnert Gowron daran, dass sie genau das tun , was die Gründer wollen, jeder kämpft gegen jeden , und das Dominion hat dann leichtes Spiel , den Alpha-Quadrant Quadranten zu übernehmen. Gowron sieht das schließlich ein und beendet den Angriff, obwohl Martok weiterkämpfen will. Gowron will zwar nicht, dass der Alpha-Quadrant in die Hände der Gründer fällt, kann aber auch nicht den Verrat der Föderation verzeihen. Die Klingonen ziehen sich zwar zurück, aber sie behalten die eroberten Territorien der Cardassianer. Die Gründer haben somit erreicht was wollten, die Allianz zwischen den Klingonen und der Föderation ist zerbrochen. ({{DS9|Der Weg des Kriegers, Teil II}})

Die Klingonen verwickeln nun den ganzen Quadranten in einen Krieg, sie greifen Außenposten der Föderation und sogar der Romulaner an , und mit der Zeit schwächen sich die Großmächte im Alpha-Quadrant immer mehr. ({{DS9|Der Hippokratische Eid}})

[[Datei:Bashir und Goran'Agar.jpg|thumb|Julian Bashir versucht , Goran'Agar zu helfen.]]Während einer Mission im Gamma-Quadrant stürzt ein Runabout von O'Brien und Bashir auf einen Planeten ab. Dort werden die beiden von einer Gruppe abtrünniger Jem'Hadar gefangen genommen. Der Anführer [[Goran'Agar]] bittet Bashir , sie von der Abhängigkeit von Ketracel-White zu befreien. Bashir versucht , den Jem'Hadar zu Helfen helfen und erfährt in dieser Zeit viel über die Struktur des Dominions. Obwohl Bashir den Jem'Hadar nicht helfen kann, lässt Goran'Agar Bashir und O'Brien wieder frei , und die beiden kehren in den Alpha-Quadrant zurück. ({{DS9|Der Hippokratische Eid}})

Auf Bitten der Karemma begibt sich die ''Defiant'' einige Wochen später in den Gamma-Quadrant. Der karemmanische Handelsminister [[Hanok]] beschwert bei Captain Sisko über die hohen [[Steuer]]n und Gebühren der Föderation, bei deren Geschäften, doch es stellt sich heraus, dass Quark für diese Steuern verantwortlich ist. Da es den Karemma offiziell verboten ist , mit der Föderation Handel zu betreiben, tun diese es über die Ferengi. Als die Jem'Hadar dies aber mitbekommen, greifen diese die Karemma an, um sie zu bestrafen. Doch Sisko greift mit der ''Defiant'' die Jem'Hadar-Angriffsjäger an. Die Karemma fliehen in die [[Atmosphäre]] eines [[Klasse J|Klasse-J-Gasriesen]], doch diese werden von den Jem'Hadar verfolgt. Darauf fliegt auch die ''Defiant'' in die Atmosphäre und es kommt zum Kampf, bei der die ''Defiant'' schwer beschädigt wird. Sisko wird bei diesem Angriff schwer verletzt , und Worf übernimmt das Kommando über die ''Defiant''. Bei einem Angriff dringt ein Torpedo in die ''Defiant'' ein, welcher allerdings nicht detoniert. Dieser Torpedo wird aber gemeinsam von Hanok und Quark entschärft. Währenddessen gelingt es Worf , den Jem'Hadar-Angriffsjäger zu vernichten und die Karemma zu retten. ({{DS9|Das Wagnis}})

Zur selben Zeit beginnen die Gründer die Erde zu infiltrieren und versuchen , die Föderation ins Chaos zu stürzen. Sie verüben einen [[Bombe]]nanschlag auf die [[Antwerpen-Konferenz]], bei der mehrere Repräsentanten sowohl der Föderation als auch der Romulaner und auch ein [[Tholianer|tholianischer Beobachter]] getötet werden. Nach dieser Katastrophe ordnet der [[Präsident der Föderation]] [[Jaresh-Inyo]] einen offiziellen [[Trauer]]tag an. ({{DS9|Die Front}})

Zu der Zeit werden auch seltsame Aktivitäten am bajoranischen Wurmloch beobachtet , und die Föderation vermutet eine getarnte Flotte des Dominions. Die Föderation sieht eine große Bedrohung , und nach dem Anschlag auf der Erde, werden Captain Sisko und Odo auf die Erde beordert, um die Formwandler auf der Erde auf zu spürenaufzuspüren. Captain Sisko, Odo und [[Admiral]] [[Leyton]] versuchen , die Sicherheit auf der Erde zu verbessern , und ihnen gelingt es auch , Jaresh-Inyo von ihren Plänen zu überzeugen. Es finden nun überall auf der Erde [[Bluttest]]s bei Angehörigen der Sternenflotte statt, allerdings sieht Jaresh-Inyo die Gefahr, dass dadurch der Frieden auf der Erde gestört wird. Als Odo auf Commander [[Erika Benteen]] und Admiral Leyton trifft, bemerkt Odo plötzlich ein seltsames Verhalten an dem Admiral. Odo bemerkt, dass dies gar nicht Leyton ist, sondern ein Gründer, welcher Leytons Gestalt angenommen hat. Dem Gründer gelingt es allerdings zu entkommen, doch Odo ist verwundert über das ihm gegenüber gezeigte feindselige Verhalten, welches bisher nicht mit zwischen ihm und seinen Volk bestanden hat. ({{DS9|Die Front}})

Einige Zeit später kommt es zu einem kompletten Energieausfall auf der Erde. Sisko vermutet eine Sabotage der Gründer auf das Hauptenergierelais der Erde. Durch diesen Systemausfall ist die Erde wehrlos, da auch sämtliche Verteidigungssystem des Planeten ausgefallen sind. Admiral Leyton fordert Jaresh-Inyo auf, dass das [[Kriegsrecht]] auf der Erde aus zu rufen auszurufen und die Verantwortung des Planeten unter die Kontrolle der Sternenflotte zu legen. Jaresh-Inyo stimmt dem nur widerwillig zu und übergibt nun die Kontrolle an Leyton , und wenig später werden Truppen der Sternenflotte überall auf die Erde gebeamt. ({{DS9|Die Front}})

Für Sisko gibt es allerdings einige Widersprüche, wie es den Gründern gelungen ist das Energierelais zu sabotieren. Sisko verwundert es, da außerdem die Invasion des Dominions ausgeblieben ist und stattdessen nun die Sternenflotte die Kontrolle über die Erde übernommen hat. Darauf beginnt Sisko , diesen Vorfall zu untersuchen und findet heraus, dass eine Eliteeinheit der [[Sternenflottenakademie]] namens [[Red Squad]] in diesen Vorfall verwickelt ist. Sisko findet Beweise, dass die Red Squad die Energierelais auf der Erde sabotiert haben. Anhand weiter Untersuchungen findet Sisko heraus, dass Admiral Leyton in diesen [[Militärputsch (2372)|Mitlitärputsch]] verwickelt ist und somit die Erde radikal schützen will. Nachdem Leyton von Siskos Nachforschungen erfährt, schickt er Sisko zurück nach Deep Space 9, da Sisko nicht Leytons Autorität achtet. Als Sisko am Abend nachdenken will, trifft dieser auf Miles O'Brien, doch dieser ist in Wirklichkeit ein Gründer, welcher O'Briens Gestalt angenommen hat. Sisko erfährt, dass sich gerade mal vier Gründer auf der Erde befinden. Der Gründer erklärt, dass vier Gründer genug sind, um Chaos auf der Erde anzurichten und das dass sie noch nicht einmal richtig begonnen haben. ({{DS9|Das verlorene Paradies}})

Bei weiteren Untersuchungen deckt Sisko eine vollständige Machtübernahme der Erde von Leyton auf. Doch als Sisko dies Jaresh-Inyo präsentiert, täuscht Leyton vor, dass Sisko ein Wechselbalg ist , und Sisko wird verhaftet. Doch mit Hilfe von Odo gelingt Sisko die Flucht. Auf Deep Space 9 wird eine Sabotage des Wurmlochs entdeckt, welche die seltsamen Aktivitäten des Wurmlochs erklärt. Die ''Defiant'' fliegt mit dem Beweis zur Erde, doch Leyton befiehlt , die ''Defiant'' mit der [[USS Lakota|USS ''Lakota'']] an zu greifenanzugreifen. Captain Erika Benteen bekommt von Leyton die Information, dass sich an Bord der ''Defiant'' Gründer befinden. Es kommt im [[Weltraum]] zu schweren Gefechten zwischen beiden Schiffen , und es gibt viele Verletzte und Tote. Zur selben Zeit gelingt es Sisko , Leyton zu stellen und ihm es schließlich auch , Benteen davon zu überzeugen , ihren Angriff ab zu brechenabzubrechen. Als Leyton erkennt, dass sein treuster treuester Offizier ihn im Stich gelassen hat, gibt er schließlich auf. Trotz der Gefahr der Gründer werden die Truppen der Sternenflotte wieder abgezogen. ({{DS9|Das verlorene Paradies}})

Während des Konflikts zwischen den Klingonen und der Cardassianer, greifen die Klingonen einen Außenposten auf [[Korma]] an. Es gelingt allerdings dem Cardassianer [[Dukat]] , einen [[Klingonischer Bird-of-Prey|klingonischen Bird-of-Prey]] zu erobern. Mit den enthaltenen Daten, haben die Cardassianer einen taktischen Vorteil gegenüber den Klingonen , und Dukat will dies seiner Regierung übermitteln, doch diese will damit nichts zu tun haben. Die Cardassianer wollen sich bei den Klingonen für diesen Vorfall entschuldigen. Da Dukat dies als Schwäche in seinem Volk sieht, beschließt er , allein mit dem Bird-of-Prey gegen die Klingonen zu kämpfen. ({{DS9|Zu neuer Würde}})