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Als die [[USS Voyager|''Voyager'']] von einer Art Schockwelle getroffen wird und plötzlich alle Systeme das griechische Omega-Symbol anzeigen, löst dies bei [[Captain]] [[Kathryn Janeway|Janeway]] höchsten Alarm aus. Der Alarm ist auch begründet, denn die ''„perfekten“'' [[Omega-Molekül|Omega-Moleküle]], welche durch die Schiffssensoren entdeckt wurden, sind zugleich wunderschön und gefährlich. [[Datei:Omega_warning.jpg|thumb|Gesperrtes [[LCARS|LCARS-Interface]]]]
[[Omega-Molekül|Omega]] ist eine [[Substanz]], die über eine so hohe [[Energie]] verfügt, dass von ihr der [[Subraum]] zerstört wird und bei einer Kettenreaktion ein ganzer Quadrant vernichtet werden könnte. Captain Janeway beginnt sofort, die [[Omega-Direktive]] auszuführen, welche ihr befiehlt, das [[Molekül]] zu zerstören und dabei so wenige Informationen wie möglich an die [[Liste der Crew von Crewmitgliedern der USS Voyager|Crew]] weiterzugeben. Für die [[Borg]] ist dieses Molekül der Inbegriff der Perfektion. So ist es auch nicht verwunderlich, dass [[Seven of Nine]] anfangs nicht sehr glücklich über den Zerstörungsplan ist, jedoch dann dem Captain hilft, „um sich diese Erfahrung nicht zu versagen“.
An der Quelle der Moleküle angekommen, stellt die ''Voyager''-Crew fest, dass der dortige [[Wissenschaftler]] [[Allos]] Experimente durchgeführt hat, welche aus dem Ruder gelaufen sind. Die Menge der Omega-Partikel würde ausreichen, um den Subraum des halben [[Delta-Quadrant|Quadranten]] auszulöschen und so [[Warp]]-Reisen unmöglich zu machen.