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Einige Zeit später wird die ''Voyager'' durch eine Anomalie in eine Region gezogen, welche als [[Die Leere (Anomalie)|die Leere]] bezeichnet wird. Trotz mehrere Versuche kann die ''Voyager'' nicht aus dieser Anomalie entkommen. Zu der Zeit begibt sich ein verletzter [[Bewohner der Leere]] auf die ''Voyager'' und der Doktor behandelt diesen. Dem Doktor gelingt es sogar mit Hilfe von Musik mit dem Fremden, welchen er [[Phantom (Bewohner der Leere)|Phantom]] nennt, zu kommunizieren. Auch weitere Mitglieder dieser Spezies erlernen auf der ''Voyager'' mit Hilfe der Musik eine Sprache und der Doktor ist sehr begeistert davon. Später gelingt es Janeway mit weiteren Schiffen, welche in dieser Anomalie gefangen sind eine Allianz zu gründen. Gemeinsam mit den anderen Schiffen und der Phantome gelingt es der ''Voyager'' und den anderen Schiffen aus der Allianz dieser Anomalie zu entkommen. ({{VOY|Die Leere}})
[[Datei:Der Doktor hat das Kommando.jpg|thumb|left|Der Doktor übernimmt das Kommando über die USS ''Voyager''.]]
Ein paar Wochen später stößt die ''Voyager'' auf eine Subraummine und das Schiff wird verstrahlt. Der Doktor muss die Crew behandeln, doch Janeway beschließt die ''Voyager'' zu evakuieren. Janeway aktiviert den Doktor als Notfall-Kommando-Hologramm, welcher die Strahlung beseitigen soll. Doch plötzlich wird die ''Voyager'' von fremden Schiffen angegriffen und der Doktor versteckt die ''Voyager'' in einem Nebel. Die übrige Besatzung wird von den fremden Schiffen entführt und auf den Planeten [[Quarra]] gebracht. Dort wird das Gedächtnis der Crew verändert und diese glauben glücklich auf Quarra zu leben und zu arbeiten. Inzwischen kehrt der ''Delta Flyer'' von einer Außenmission zurück und findet die verlassene ''Voyager'' in dem Nebel vor. Dem Doktor ist es inzwischen gelungen die Strahlung zu beseitigen und einige der Schäden von dem Angriff zu beheben. Unter dem Kommando von Chakotay repariert der Doktor weitere Systeme der ''Voyager''. Als die ''Voyager'' Quarra erreicht, fliegen Chakotay und Neelix mit der [[Baxial|''Baxial'']] zu dem Planeten, um dort nach den vermissten Crewmitgliedern zu suchen. Doch währenddessen streiten sich Kim und der Doktor wer nun das Kommando über die ''Voyager'' hat. Auf der Oberfläche gelingt es Chakotay Torres aufzuspühren und diese wird zusammen mit Neelix an Bord der ''Voyager'' zu beamen. Plötzlich tauchen Sicherheitskräfte auf und verfolgen Chakotay, während die ''Voyager'' im Orbit angegriffen wird. ({{VOY|Arbeiterschaft, Teil I}})
[[Datei:Kim und der Doktor im Bereitschaftsraum.jpg|thumb|Der Doktor und Harry Kim streiten wer das Kommando über die USS ''Voyager'' hat.]]
Chakotay gelingt es zwar den Wächtern zu entkommen, allerdings wird dieser dabei verletzt. Währenddessen gelingt es dem Doktor, dank seines taktischen Wissen die angreifende Schiffe außer Gefecht zu setzen und die ''Voyager'' entkommt den Angreifern. Der Doktor versteckt die ''Voyager'' in einem Krater auf einen Mond und dort können Kim und Neelix die Reparaturen fortsetzen, während sich der Doktor um Torres kümmert. Neelix hilft Torres darauf seine Erinnerungen wieder zu finden. Auf Quarra gelingt es Chakotay inzwischen das Vertrauen von Janeway zu gewinnen, doch plötzlich tauchen Fremde auf und nehmen Chakotay gefangen. Die Entführer zwingen Chakotay die ''Voyager'' mit einer falschen Nachricht in eine Falle zu locken. Zur selben Zeit überlegt überlegt der Doktor dauerhaft ein Kommandohologramm zu sein, da er große Freude an diesem Beruf hat und er bittet Kim einen neuen Doktor nach dieser Mission zu programmieren, doch plötzlich erhält die ''Voyager'' den falschen Notruf von Chakotay. Die ''Voyager'' begibt sich zu den Planeten und diese erhält plötzlich eine Nachricht von Janeway. Janeway ist erstaunt, dass der Doktor und Kim sie als Captain bezeichnen und diese bestätigen Chakotays Aussagen gegenüber Janeway. Unerwartet tauchen wieder fremde Schiffe auf und greifen die ''Voyager'' an. Diesmal gelingt es Kim die Angreifer auszutricksen und die Schiffe werden schwer beschädigt. Nachdem Janeway auf den Planeten die Schildemitter deaktiviert hat, können Kim und der Doktor die gesamte Crew wieder an Bord beamen. Der Doktor hilft beim wiederherstellen der Erinnerungen der Crew und übergibt schweren Herzens das Kommando wieder an Janeway. ({{VOY|Arbeiterschaft, Teil II}})
[[Datei:Der Doktor hilft Seven of Nine.jpg|thumb|left|Der Doktor hilft Seven of Nine.]]
Als Seven of Nine versucht auf dem Holodeck sich auf der emotionalen Ebene weiter zu entwickeln, fällt plötzlich ihr Kortikaler Knoten aus. Darauf droht sie ihr Bewusstsein zu verlieren und sie sendet einen Notruf an den Doktor. Der Doktor transferiert sich aufs Holodeck und findet Seven of Nine Bewusstlos vor. Der Doktor findet heraus, dass ihr Kortikaler Knoten verhindert das Seven of Nine intensive Gefühle wie Liebe erleben kann. Später bietet der Doktor Seven of Nine an, den Kortikalen Konten umzuprogrammieren, damit sie das komplette Spektrum von Emotionen erfahren kann, doch Seven of Nine lehnt dieses Angebot schließlich ab. ({{VOY|Menschliche Fehler}})
Als der [[Q (Sohn)|Sohn von Q]] die ''Voyager'' besucht, findet er Neelix so nervig, dass er seinen Mund und die Stimmbänder entfernt. Der Doktor kann nichts für Neelix tun, doch später wird dieser von Q geheilt. Der junge Q ist auch verantwortlich, dass Icheb schwer verletzt wird und auch hier kann der Doktor nichts für den Jungen tun und so muss Q wieder eingreifen, damit Icheb geheilt wird. ({{VOY|Q2}})
[[Datei:Der Doktor gewinnt die Anhörung.jpg|thumb|Der Doktor gewinnt seine Anhörung.]]
Gegen Ende [[2377]] gelingt es der Sternenflotte eine direkte Schaltung zur Erde zu erlangen und die Crew hat endlich die Möglichkeit mit ihren Familien direkt zu sprechen. Zu der Zeit schreibt der Doktor einen Holoroman mit dem Titel "''[[Photonen brauchen Freiheit]]''". Der Holoroman handelt von einem Hologramm, welches von seinen Schiffskameraden unterdrückt wird. Der Doktor schickt diesen Holoroman in den Alpha-Quadranten, damit dieser dort veröffentlicht wird. Da die Figuren Ähnlichkeiten mit der Voyager-Besatzung haben, wird auf der Erde darauf vermutet, dass die Crew der ''Voyager'' barbarisch ist und ihren holografischen Arzt misshandeln. Auch die Crew der ''Voyager'' ist über dieses Programm entsetzt, da der Doktor sie so schlecht darstellt. Paris zeigt wie dem Doktor wie sich die Crew mit dieser Darstellung fühlt, indem er dem Doktor einen Holoroman zeigt wo der Doktor so schlecht dargestellt wird. Darauf sieht der Doktor seinen Fehler ein. Der Doktor will seinen Roman zurückziehen, doch [[Ardon Broht]] der Verleger des Romans im Alpha-Quadranten, will den Roman weiter veröffentlichen, da der Roman auf der Erde sehr beliebt ist. Als auch Janeway und die Sternenflotte von Broht fordern den Roman zurück zuziehen, weigert sich dieser weiterhin, da der Doktor als Hologramm keine Rechte hat über den Roman zu bestimmen. Darauf beginnt eine Verhandlung welche sich für die Rechte der Doktors als Hologramm, welcher das Recht hat über seinen Roman zu bestimmen. Da die Zeit begrenzt ist, den Kontakt mit den Alpha-Quadranten zu führen, dauert die Verhandlung einige Tage. Bei der Verhandlung hält auch der [[~/Person/VOY/7x20/1|Schlichter]] den Doktor nur für ein Hologramm und nicht für eine Reale Person. Bei der Verhandlung setzt sich schließlich die gesamte Crew der ''Voyager'' und auch Barclay für die Rechte des Doktors als Person ein. Der Schlichter kann sich am Ende zwar nicht dafür entscheiden, dass der Doktor eine reale Person ist, aber er erkennt die Rechte des Doktors als Autors an. Darauf ist Broht gezwungen den Holoroman zurück zu ziehen. ({{VOY|Die Veröffentlichung}})
[[Datei:Otrin an Bord der Voyager.jpg|thumb|left|Der Doktor behandelt Otrin.]]
Kurz darauf bekommt die ''Voyager'' den ersten offiziellen Auftrag der Sternenflotte nach sieben Jahren. Die ''Voyager'' soll die Überreste soll der Sonde [[Friendship 1|''Friendship 1'']] bergen. Die ''Voyager'' findet die Überreste der Sonde auf den verseuchten Planeten [[Uxal]]. Doch die [[Uxali]] machen die Menschen für die Verseuchung ihres Planeten verantwortlich, da sie durch diese Technologie der Planet verseucht worden ist. Der Uxali [[Verin]] nimmt Paris, Neelix und Carey gefangen und hält diese als Geiseln fest. Einer der Uxali [[Otrin]] wird mit auf die ''Voyager'' genommen und dort wird dieser vom Doktor behandelt und seine Krankheit geheilt. Verin fordert indessen von Janeway, dass diese die ganzen Bevölkerung von dem Planeten evakuiert und um seinen Forderungen Nachdruck zu verleihen tötet er Carey und lässt diesen an Bord beamen. Der Doktor kann nichts mehr für Carey tun, um diesen noch zu retten. Otrin kann später sein Volk davon überzeugen den Menschen zu vertrauen und die ''Voyager'' hilft den Uxali, dass sich ihre Heimatwelt wieder regeneriert. ({{VOY|Friendship One}})
Nachdem Chakotay Ende 2377 von den [[Ventu]] behandelt worden ist, ist der Doktor erstaunt, dass eine solche primitive Kultur über ein solches medizinisches Wissen verfügt. ({{VOY|Ein natürliches Gesetz}})
=== 2378 ===
* Der Doktor wird offiziell zum ersten mal zur [[Sternzeit]] 48308,2 aktiviert.
* Bei der Produktion der [[VOY Staffel 1|ersten Staffel]] sollte der Doktor in Doc Zimmerman, benannt nach [[Herman Zimmerman]], benannt werden. Doch Später bekam der Erschaffer des Doktors Lewis Zimmerman, diesen Namen.
*des Weiteren hat das Programm sich selbst einige Namen hinzugefügt, dazu gehören: