Kurze Zeit später beginnt Seven of Nine verschiedene Persönlichkeiten anzunehmen und der Doktor untersucht das seltsame Verhalten von Seven of Nine. Mit der Zeit übernehmen aus dem [[Hive-Bewusstsein]] stammenden Persönlichkeiten immer mehr die Kontrolle über den Körper von Seven of Nine. Der Doktor tut zwar alles was er kann, aber ihm gelingt es nicht diese Persönlichkeitsstörung zu behandeln. Inzwischen findet die Voyager in der nähe eine Trümmerfeldes ein [[Vinculum|Borg-Vinculum]], welches für die Persönlichkeitsstörungen von Seven of Nine verantwortlich ist. Die deaktivierung des Vinculums scheitert und Seven of Nine übernimmt immer mehr Persönlichkeiten. Tuvok schlägt schließlich vor Seven of Nine mit einer Geistesverschmelzung zu helfen, allerdings ist der Doktor gegen diesen Vorschlag. Da dem Doktor keine andere Möglichkeit einfällt Seven of Nine zu retten, stimmt er Tuvoks Vorschlag wiederwillig zu. Tuvok verbindet seinen Geist und nimmt Kontakt mit Seven of Nine auf. Inzwischen gelingt es Torres das Vinculum zu deaktivieren und darauf erhält Seven of Nine wieder die Kontrolle über ihre Persönlichkeit wieder. ({{VOY|Das Vinculum}})

Einige Zeit später wird Torres von einer fremden Lebensform angegriffen, welche sich dann mit Torres Körper verbindet. Der Doktor findet keine Möglichkeiten beide wieder voneinander zu trennen. Da der Doktor Hilfe von einen Experten in [[Xenobiologie]] benötigt, durchsucht der Doktor einen Experten in der Datenbank, welcher das nötige Fachwissen hat. Darauf erscheint ein Hologramm des Cardassianers [[Crell Moset]]. Beide versuchen darauf einen Weg zu finden, Torres und das fremde Wesen voneinander zu trennen ohne beide zu töten. Bei weiteren Arbeiten erkennt der Bajoraner [[Tabor]] Crell Moset, als den Massenmörder der medizinische und Folterexperimente an Bajoranen durchgeführt hat. Der Doktor steht nun vor einem moralischen Konflikt, da er das Fachwissen von Moset benötigt, obwohl das Wissen durch den Tod unschuldiger Bajoraner erlangt hat. Der Doktor stellt später das Hologramm von Moset zur Rede, doch das Hologramm erklärt er sei nur ein Hologramm, was mit den Taten des echten Moset nichts zu tun hat. Währenddessen weigert sich Torres von Moset behandeln zu lassen, da sie weiß, dass er ein Massenmörder ist. Später entscheidet Captain Janeway um Torres zu retten, dass der Doktor weiter mit Moset zusammen arbeiten darf, obwohl sie weiß, dass es moralisch Falsch und gegen den Willen von Torres ist. Dem Doktor gelingt es zusammen mit Moset Torres von dieser Kreatur zu befreien. Später wird das Wesen zu seinen Artgenossen zurück gebeamt. Nach der Operation löscht der Doktor vollständig das Programm von Moset. ({{VOY|Inhumane Praktiken}})

Während Tom Paris für 30 Tage in Einzelhaft sitzt, behandelt ihn der Doktor, nachdem sich Paris in seiner Arrestzelle leicht verletzt hat. Paris bittet den Doktor ihn mit auf die Krankenstation zu nehmen, doch der Doktor muss ihm das verweigern. ({{VOY|Dreißig Tage}})

Während die ''Voyager'' das [[Devore-Imperium]] durchquert, muss die Crew sich regelmäßige Inspektionen der Devore über sich ergehen lassen. Da die Devore keine Telepathen duldet, werden die telepathischen Crewmitglieder und einige [[Brenari]] in einen einer [[Transportersuspension]] der [[Musterpuffer]] versteckt. Doch bei einer Untersuchung stellt der Doktor fest, dass sich die Muster der Leute langsam zu zersetzen zu beginnen und das er es nicht mehr verantworten kann, dass diese in einer Transportersuspension versteckt werden können. Doch einige Zeit später gelingt es der ''Voyager'' das Gebiet der Devore zu verlassen. ({{VOY|Kontrapunkt}})

=== 2376 ===

[[Belle]] ist ist eine Holofigur aus dem Familienprogramm Beta-Rho und ist dort die Tochter von Charlene und dem Doktor. In der ursprünglichen Version ist sie eine sehr gute Schülerin, welche ihren Vater über alles verehrt. Doch auch diese wird von Torres modifiziert und darauf will sie nur noch [[Parrises squares]] spielen und stellt sich gegen die Wünsche ihres Vaters. Doch beim Training wird diese schwer verletzt und erleidet ein Schädeltrauma. Der Doktor kann nichts für sie tun und wenig später stirbt sie im Kreis der Familie. ({{VOY|Das wirkliche Leben}})

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==== Jason Tebreeze ====

Während einer Außenmission auf [[Kelemanes Planet]], dessen Zeit etwa 85.000 mal so schnell voranschreitet wie die der [[Erde]], hat er einen Sohn mit Namen [[Jason Tabreez]]. ({{VOY|Es geschah in einem Augenblick}})

==== Tom Paris ====

[[Tom Paris]] ist der Steuermann an Bord der ''Voyager''. Da er allerdings auf der Akademie auch Biochemie studiert hat, beordert Janeway Paris in die Krankenstation, um den Doktor als Sanitäter zu unterstützen. Doch Paris macht seiner Arbeit eher schlecht als recht und der Doktor hält nicht viel von Paris Arbeit als Sanitäter. Schließlich schlägt der Doktor vor Kes als Krankenschwester auszubilden und Paris muss nicht mehr auf der Krankenstation arbeiten. ({{VOY|Die Parallaxe|Transplantationen}})

Als Kes 2374 die ''Voyager'' verlassen hat, ernennt der Doktor Tom Paris wieder zu seinem medizinischen Assistenten und Paris muss wieder den Posten der Krankenschwester übernehmen. ({{VOY|Der Isomorph}})

==== Kathryn Janeway ====

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==== Seven of Nine ====

Seven of Nine ist ein Mensch, welche als Kind von den Borg assimiliert wurden ist. 2374 wird sie aus dem Borg-Kollektiv befreit und der Doktor beginnt mit der Entfernung ihrer Borg-Implantate. ({{VOY|Die Gabe}})

Gegen Ende 2374 durchfliegt die ''Voyager'' einen Mutara-Klasse-Nebel und die ganze Crew mit Ausnahme vom Doktor und Seven of Nine befinden sich in Stasis. Der Doktor und Seven of Nine verbringen fast einen Monat allein zusammen, Der Doktor versucht in dieser Zeit weitere Soziale Übungen durch zuführen, doch in dieser Zeit haben die beiden auch oft Streitereien. ({{VOY|Eine}})

Der Doktor zeigt auch aufgrund der Entwicklung von [[Emotion|Gefühlen]], dass er weit mehr als ein gewöhnliches [[Hologramm]] ist. So hat er die Neigung sich minderwertig zu fühlen und prahlt auch immer wieder gern mit seiner Genialität. Der Doktor zeigt [[Seven of Nine]], wie man sich sozial in die Crew eingliedert. Weiterhin entwickelt er für sie eine Anleitung zum Knüpfen zwischenmenschlicher Beziehungen und verliebt sich dann in Seven of Nine. ({{VOY|Liebe inmitten der Sterne}})

2375 betreibt der Doktor weiter die Holofotographie und er hat seine Kammara über mit dabei. Er nimmt die Kammara zu vielen Außenmissionen mit und macht viele Aufnahmen von den dortigen Ereignissen. ({{VOY|Die Drohne|Inhumane Praktiken}})

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[[Datei:Der Doktor während des Höllenjahres.jpg|thumb|Der Doktor während des Höllenjahres.]]

2374 trifft sie ''Voyager'' auf die Krenim, welche jedoch für die ''Voyager'' harmlos sind. Plötzlich erscheint eine Zeitverzerrung und die Zeitlinie wird verändert. Die Krenim sind in dieser neuen Zeitlinie eine starke Streitmacht und die Angriffe beschädigen die ''Voyager'' schwer. In den folgenden Wochen ist die ''Voyager'' weiteren Angriffen ausgesetzt. Der Doktor leitet dabei die Evakuierung von Deck 5, als plötzlich es zu einer Überladung der Energieleitungen kommt. Der Doktor kann die meisten Crewmitglieder in Sicherheit bringen, doch er muss 2 Crewmitglieder sterben lassen, um die anderen Crewmitglieder zu retten. Nach der Zerstörung der Krankenstation richtet der Doktor seine Krankenstation im Kasino ein. Der Doktor und Paris müssen im Lauf der nächsten Wochen die vielen Verletzten auf dem Kasino behandeln. Inzwischen gelingt es der Besatzung temporale Schilde zu entwickeln, welche gegen die Waffen der Krenim halten. Plötzlich taucht eine weitere Zeitverzerrung auf, doch die temporalen Schilde der ''Voyager'' halten. Durch die Verzerrung wird plötzlich das gesamte Krenimimperium ausgelöscht. Plötzlich taucht ein fremdes Schiff auf und ein Krenim namens [[Annorax]] gibt zu mit seinen [[Krenim-Waffenschiff|Zeitwaffenschiff]] für diese temporalen Eingriffe verantwortlich zu sein. Er entführt Paris und Chakotay und versucht, da er in der ''Voyager'' eine Bedrohung sieht, diese aus der Geschichte aus zu löschen. Doch die temporalen Schilde halten und die ''Voyager'' kann entkommen. Da die ''Voyager'' zu schwer beschädigt ist, lässt Janeway die gesamte Crew evakuieren und nur eine Rumpfmannschaft bleibt an Bord zurück. Der Doktor bleibt ebenfalls zurück und hilft bei der Behandlung der Crew. Nachdem Janeway schwer verletzt wird, will der Doktor sie im Kasino behalten, damit sie dort genesen kann. Doch Janeway will dies nicht, doch der Doktor entzieht ihr das Kommando, da er den Captain aus medizinischer Sicht nicht für Kommandierfähig hält. Doch Janeway ignoriert den Befehl und der Doktor erklärt, dass sie wegen der Missachtung eines Befehls vor ein Militärgericht kommen kann. Janeway gelingt es in den nächsten Wochen eine Allianz mit den [[Nihydron]] und den [[Mawasi]] zu schmieden und mit diesen greift sie Annorax sein Zeitschiff an. Mit Ausnahme von Janeway verlässt die gesamte Crew die ''Voyager''. Paris und Chakotay gelingt es das Zeitschiff zu sabotieren und darauf greift die Flotte an. Als die ''Voyager'' zu schwer beschädigt ist, fliegt Janeway einen Kollisionsflug mit der ''Voyager'' auf das Zeitschiff. Sie befiehlt der Flotte ihrer die temporalen Schilde zu deaktivieren. Durch die Explosion der ''Voyager'' wird eine weitere temporale Verzerrung aktiviert und die ursprüngliche Zeitlinie wird wieder hergestellt. ({{VOY|Ein Jahr Hölle, Teil I|Ein Jahr Hölle, Teil II}})

=== Absturz der Voyager ===

Als die ''Voyager'' versucht mit Hilfe des Quanten-Slipstream-Antrieb zurück in den Alpha-Quadrant zu fliegen, kommt es zu einer Katastrophe. Die ''Voyager'' wird aus dem Quanten-Slipstream geschleudert und stürzt auf einen Eisplaneten und wird unter Meterdicken Eisschichten begraben. Nur Chakotay und Kim, welche mit dem ''Delta Flyer'' vor der ''Voyager'' fliegen, gelingt die Rückkehr zur Erde. Die beiden machen sich Vorwürfe, dass sie als einzige den Flug überlebt haben und jahre später planen diese die Zeitlnie zu verändern. [[2390]] stehlen die beiden den ''Delta Flyer'' und einen [[Temporaler Borg-Transmitter|Temporalen Borg-Transmitter]], mit diesen wollen diese eine Botschaft durch die Zeit schicken. Chakotay und Kim gelingt es die ''Voyager'' zu bergen und beamen den mobilen Emitter des Doktors an Bord des ''Delta Flyers''. Der Doktor erfährt von Kim und Chakotay was mit der ''Voyager'' geschehen ist und das die beiden die Geschichte ändern wollen. Der Doktor soll mit Hilfe von Seven of Nines [[Neuraler Transceiver|Neuralen Transceiver]] eine Botschaft in die Vergangenheit schicken. Währenddessen taucht die [[USS Challenger (NCC-71099)|USS ''Challenger'']] unter dem Kommando von Captain [[Geordi La Forge]] auf und fordert Chakotay auf sein Vorhaben zu beenden. Als Chakotay sich weigert, erklärt La Forge, dass er diesen Aufhalten muss die Vergangenheit zu verändern. Kim schickt zu der Zeit eine Botschaft in die Vergangenheit, aber es passiert nichts und Kim rastet darauf aus. Dem Doktor gelingt es Kim zu beruhigen und Kim versucht eine weitere Botschaft in die Vergangenheit zu schicken, welche die Vergangenheit ändern soll. Durch das Eingreifen der ''Challenger'' droht auf dem ''Delta Flyer'' ein Warpkernbruch und die Energie fällt aus. Der Doktor deaktiviert sich und Kim verwendet die Energie des mobilen Emitters, um die Botschaft in die Vergangenheit zu schicken. Kurz bevor der Flyer explodiert hat Kim Erfolg und die Geschichte wird verändert. ({{VOY|Temporale Paradoxie}})