Des weiteren Weiteren sind viele Systeme durch Technologie der Borg inspiriert oder verbessert. Dazu gehören die [[Photonische Rakete|photonischen Raketen]] und [[Unimatrixschild]]e.

Da manche Missionen mehre Wochen dauern können, ist die Achtersektion mit einem Wohnbereich ausgestattet. Der Wohnbereich ist für die Crewmitglieder mit [[Bett]]en ausgestattet. Für die Verpflegung befindet sich ein [[Replikator]] und dazu befindet sich auch ein Sitzbereich. Des weiteren Weiteren befindet sich in der Achtersektion eine [[Schalldusche]]. ({{VOY|Das Mahnmal|Der gute Hirte}})

Einige Zeit später erreicht die ''Voyager'' die [[Moneanische Wasserwelt]]. Um diese Welt zu erforschen modifiziert Tom Paris den ''Flyer'', damit der in die Wasserwelt eindringen kann. Durch die Modifikation kann der ''Flyer'' den hohen Wasserdruck aushalten. Tom Paris, Seven of Nine, Harry Kim und der [[Moneaner]] [[Riga]] erforschen die weiten tiefen der moneanischen Wasserwelt. Bei den Forschung stellt Paris fest, dass die Moneaner durch den extremen Ressourcenabbau ihre eigene Welt zerstören. Sämtliche Warnungen von Paris und Riga stoßen bei dem stellvertretende [[Konsul]] [[Burkus]] auf taube Ohren. Schließlich stehlen Paris und Riga den ''Flyer'' um die [[Sauerstoffraffinerie]]n auf dm dem Planeten zu vernichten, um so den Planeten zu retten. Captain Janeway ist gezwungen den ''Flyer'' aufzuhalten und schießt einen [[Photonentorpedo]] auf den ''Flyer''. Sie [[Degradierung|degradiert]] darauf Tom Paris für sein Verhalten zum [[Fähnrich]] und er erhält eine [[Arrest]]strafe von 30 Tagen. ({{VOY|Dreißig Tage}})

Wenige Wochen später benutzen Tom Paris, Seven of Nine und [[Naomi Wildman]] den ''Delta Flyer'', um nach neuen [[Deuterium]]vorräten für die ''Voyager'' zu suchen. Für Naomi Wildman ist es die erste [[Außenmission]]. Tom Paris läßt lässt sie sogar kurzzeitig den ''Flyer'' fliegen und Naomi übernimmt darauf das Steuer. ({{VOY|Euphorie}})

Tuvok verwendet den ''Delta Flyer'' dazu, um nach Harry Kim und [[Derran Tal]] zu suchen, welche sich mit einem Shuttle unerlaubt von der ''Voyager'' entfernt haben. Tuvok gelingt es mit dem ''Flyer'' die beiden aufzuspührenaufzuspüren. ({{VOY|Das Generationenschiff}})

Wenige Wochen später wird der ''Delta Flyer'' umgerüstet, um eine [[Graviton-Ellipse]] zu erforschen. Auf der Mission befinden sich Chakotay, Tom Paris und Seven of Nine. In der Graviton-Ellipse befinden sich die Überreste von vielen Schiffen, welche nicht mehr aus der Graviton-Ellipse heraus gekommen sind. Unter den Trümmern befinden sich auch die Überreste von [[Ares IV|''Ares IV'']], einem Forschungschiff Forschungsschiff der [[Mensch]]heit aus dem [[21. Jahrhundert]]. Chakotay will sämtliche Daten über die ''Ares IV'' und ihren verschollenen Piloten [[John Kelly]] sammeln. Er versucht die ''Ares IV'' mit dem [[Traktorstrahl]] zu bergen, als die Graviton-Ellipse mit einem [[Asteroid]] aus [[Dunkle Materie|dunkler Materie]] [[Kollision|kollidiert]]. Der ''Flyer'' kann die Graviton-Ellipse nicht mehr rechtzeitig verlassen und wird bei dieser Kollision beschädigt. Chakotay wird dabei verletzt. Der ''Flyer'' hat kaum noch genug [[Energie]] um die Graviton-Ellipse zu verlassen und droht mit ihr im [[Subraum]] zu verschwinden. Seven of Nine gelingt es einen [[Ionenverteiler]] von der ''Ares IV'' zu bergen, um somit kann der ''Flyer'' mit Hilfe dieser alternative Energiequelle die Graviton-Ellipse im letzten Moment zu verlassen. Seven gelingt es auch den Leichnam von John Kelly zu bergen und auf der ''Voyager'' wird ihm zu [[Ehre]]n eine Gedenkfeier abgehalten. ({{VOY|Ein kleiner Schritt}})

Kurz darauf befinden sich Chakotay, Tom Paris, Harry Kim und Neelix auf einer Mission, als der ''Delta Flyer'' von einem [[Borg-Kubus]] angegriffen wird. Es kommt zu einen einem kurzen Kampf zwischen den Borg und dem ''Flyer''. Die Borg erfassen den ''Flyer'' mit ihrem Traktorstrahl und schleppen diesen in ihren [[Hangar]]. Beim Kampf gegen den Kubus befindet sich Harry Kim in einer Jefferies-Röhre und wird dort verletzt. Dabei verliert Kim sein Bewusstsein. Die Borg nehmen die Crew mit Ausnahme von Kim gefangen. Der Kubus wird nur von Borgkinder kontrolliert die später mit der ''Voyager'' um die Freilassung der [[Geisel]]n verhandeln. Später gelingt es Captain Janeway mit Hilfe von Seven of Nine mit den Borgkindern zu verhandeln. Die Verhandlungen verlaufen schließlich erfolgreich, die Geiseln werden befreit und die Borgkinder werden vom [[Borg-Kollektiv]] getrennt. ({{VOY|Das Kollektiv}})

Einige Zeit später stiehlt die [[Verbrecher]]in [[Dala]] den ''Delta Flyer'' und versucht damit der ''Voyager'' zu entkommen. Aber Tom Paris und der Doktor halten sich an Bord des ''Flyers'' versteckt und können sie später überwältigen. Später können auch die Kollegen von Dala überwältigt werden und müssen ihr Diebesgut zurück gebenzurückgeben. ({{VOY|Lebe flott und in Frieden}})

Während einer Forschungsmission wird der ''Delta Flyer'' schwer beschädigt. Auf den Befehl von Torres verlässt Harry Kim mit einer Fluchtkapsel den ''Flyer''. Torres muss mit dem ''Flyer'' auf einen fremden Planeten [[Notlandung|notlanden]]. Auf dem Planeten wird Torres von dem [[Poet]] [[Kelis]] gefunden. In ihrem [[Fieber]]wahn erzählt sie die Geschichte der ''Voyager'' und Kelis dichtet daraus die Geschichte der [[Voyager-Ewigen]]. Später bittet Kelis Torres um Hilfe, damit er seine Geschichte weiter erzählen kann. Torres fordert dafür als Gegenleistung, dass Kelis ihr Dilithiumkristalle, welche reichlich auf der Planetenoberfläche vorhanden sind, besorgt. Kim, der zu dem Planeten zurück gekehrt zurückgekehrt ist findet Torres im beschädigten ''Flyer''. Schließlich werden die beiden von der ''Voyager'' gerettet und der Flyer wird geborgen und repariert. ({{VOY|Die Muse}})