Die Bedeutung der Station ändert sich nach dem [[erster Kontakt|ersten Kontakt]] mit dem [[Dominion]] dramatisch. Nachdem der Versuch , Kontakte mit dem Dominion zu knüpfen , mit der Zerstörung der [[USS Odyssey|USS ''Odyssey'']] ein katastrophales Ende genommen hat, steht die Station nun an vorderster Front im nahenden [[Dominion-Konflikt]].

Nachdem man sich der Bedrohung aus dem Gamma-Quadranten bewusst wird, beschließt die [[Sternenflotte]] das experimentelle Kriegsschiff [[USS Defiant|USS ''Defiant'']] nach Deep Space 9 zu verlegen, um einerseits die Station besser verteidigen zu können und andererseits für Erkundungsflüge in den Gamma-Quadrantendurchführen zu können. (''[[{{DS9]]: "'[[|Die Suche, Teil I]]" und [[|Die Suche, Teil II|Teil II]]}})''

Während der des klingonischen Feldzuges in cardassianisches Gebiet, fliehen die Mitglieder des [[Detapa-Rat|Detapa-Rates]], der Cardassianischen Regierung, von Cardassia, da sie der Invasion hilflos gegenüber stehtstehen. Während der Flucht wird Das ihr Schiff von den Klingonen verfolgt, aber . Captain Sisko kommt ihnen zur zu Hilfe und bietet gewährt ihnen auch Asyl auf Deep Space 9 an.

Eine Streitmacht der Klingonen, geführt von [[General]] [[Martok]], macht sich auf den Weg zur Station und fordern fordert die Auslieferung des Detapa-Rates. Nachdem Captain Sisko eine Auslieferung abgelehnt hatablehnt, greifen greift die klingonische Flotte die Station an. Wegen Aufgrund der Übermacht der Klingonen kann sich die Station trotz ihrer neuen Waffen nicht lange wehren, da unter dem massiven Feuer schließlich die Schilde zusammenbechen zusammenbrechen und klingonische Truppen beginnen die Station zu entern. Erst als ein Verband der Föderation aus sechs Schiffen, geführt von der [[USS Venture|USS ''Venture'']], entsendet wird, können die Klingonen schließlich überzeugt werden, dass ein Krieg letztedlich letztendlich nur dem Dominion etwas nütztin die Hände spielen würde. (''[[{{DS9]]: "[[|Der Weg des Kriegers, Teil I]]" und [[|Der Weg des Kriegers, Teil II|Teil II]]''}})

Ende des Jahres 2372 gelingt es einer Gruppe von Abtrünnigen [[Jem'Hadar]] eine einen Bombenanschlag auf Deep Sace 9 durchzuführenzu verüben, bei dem der obere Pylon Drei zerstört wird. ({{DS9|Die Abtrünnigen}})

Als sich die [[Cardassianische Union]] Mitte des Jahre [[2373]] dem Dominion anschließt und Kriegsschiffe auf der anderen Seite des Wurmlochs zusammengezogen werden, rechnet die Föderation mit einem baldigen Angriff auf Deep Space 9. Nachdem die Flotte durch das Wurmloch gekommen ist, fliegen die Schiffe aber überraschender Weise jedoch überraschenderweise weiter nach Cardassia Prime. Neben der Sternenflotte entsenden nun auch die Klingonen sowie die und Romulaner Schiffe nach Deep Space 9. Da der erwartete sofortige Angriff des Dominion ausbeleibt jedoch ausbleibt, werden diese aber nach und nach wieder abgezogen. (''[[{{DS9]]: "[[|Im Lichte des Infernos]]"''}})

In den folgenden Monaten muss man daher auf DS9 machtlos zusehen , wie Woche für Woche immer mehr Konvois des Dominion mit Ausrüstung und Kriegsschiffen des Dominion in den [[Alpha-Quadrant]]en kommeneindringen. Als das Dominion Ende des Jahres [[2373]] beginnt, mit verschiedenen Regierungen über Nichtangriffspakte zu verhandeln, sieht Captain Sisko Bedarf zu handeln Handlungsbedarf und lässt mit Zustimmung des Sternenflottenkomandos Sternenflottenkommandos den Eingang zum Wurmloch mit durch [[selbstreplizierende Mine|selbstreplizierenden Minen]] n blockieren.

Als Antwort darauf startet das Dominion sofort eine Invasion des bajoranischen Bajor-Systems, um die Station aufgrund seiner ihrer strategischen Position am [[Wurmloch]] zu erobern. Im Folgenden folgenden Kampf können 50 Schiffe des Dominion zerstört werden und es gelingt der USS ''Defiant'' das Minenfeld zu kopmlettieren, dennoch komplettieren. Dennoch muss die Station schleißlich schließlich aufgegeben werden, nachdem weitere Verbände des Dominion eintreffen. Dies Diese Schlacht markiert den eigentlichen Beginn des [[Dominion-Krieg]]es. (''[[{{DS9]]: "[[|Zu den Waffen!]]"''}})

Da man sich einer Invasion an verschiedenen Fronten gegenüber sieht, ist die Sternenflotte aber nicht sofort in der Lage , einen Gegenangriff zu starten. Während dieser fünf Fünf Monate lang befindet sich die Station wieder unter dem Kommando von Gul Dukat und dem [[Vorta]] [[Weyoun]]. Außerdem wird dei die Station wieder in Terok Nor umbenannt. Innerhalb dieser [[Zeit]] verwendet man auf der Stationbeträchtliche Station beträchtliche Ressourcen darauf, das Minenfeld zu deaktivieren, da dies unabhängig von der Station operiert. Daher spielt die Station in dieser Zeit , abgesehen von seiner ihrer Funktion als Versorgungsstation Versorgungsposten, keine bedeutende Rolle.

Kurz vor dem geplanten Gegenangriff der [[Föderation]] Mitte des Jahres [[2374]] hat man finden Cardassianer und Dominion einen Weg gefunden, um das Feld Minenfeld zu deaktivieren, weshalb der Angriff einige Tage vorgezogen wird und. Im Zuge der "[[Operation Rückkehr]]" kann können die [[2. Flotte|2.]] und [[5. Flotte]] der Sternenflotte mit der Unterstützung durch [[Klingone|klingonische]] Verbände die Station und das bajoranische Bajor-System zurückerobern. Allerdings gelingt es Dukat noch, das Minenfeld zu deaktivieren und es zu zerstören , bevor das Dominion die Station aufgeben muss. Captain Sisko kann aber die Wurmlochwesen überzeugen , die Dominion-Flotte, die daraufhin durch das Wurmloch kommt, zu vernichten. (''[[{{DS9]]: "[[|Sieg oder Niederlage]]"''}})

Deep Space 9 dient im weiteren Verlauf des Dominion-Krieges als Reparatur- und Versorgungsstation für die Streitkräfte und ist zugleich das Hauptquartier der [[9. Flotte]]. Außerdem werden die große Offensiven, die in der [[Erste Schlacht von Chin'toka|ersten Schlacht von Chin'toka]] beziehungsweise der [[Schlacht um Cardassia]] gipfeln , von dort gestartet. Desweiteren wird die Station für Friedensverhandlungen mit den [[Tzenkethi]] genutzt. ({{DS9|Klingonische Tradition|Tränen der Propheten|Das, was du zurückläßt, Teil I}})

Ende des Jahres [[2375]] wird auf DS9 schließlich auch das Waffenstillstandsabkommen mit dem Dominion unterzeichnet, mit dem der Krieg endgültig beendet istwird. (''[[{{DS9]]: "[[Klingonische Tradition]]", "[[Tränen der Propheten]]", "[[Klingonische Tradition]]", "[[Das, was du zurückläßt, Teil I]]" und "[[|Das, was du zurückläßt, Teil II|Teil II]]"''}})