Anfang des Jahres [[2370]] explodiert der cardasianische cardassianische [[Frachter]] [[Bok'Nor]] auf unerklärliche Weise, kurz nachdem er von der Station abgedockt hat. Eine zuvor gänzlich unbekannte Gruppe Gruppierung aus der cardassianschen entmilitarisierten Zone(EMZ), die sich selbst ''[[Maquis]]'' nennennennt, übernimmt die Verantwortung für diese Tat. Die Mitglieder des Maquis sind Bürger der Föderation, die sich geweigert haben , ihre [[Kolonie]]n aufzugeben, die mit der Einrichtung der EMZ der [[Cardassianische Union|Cardassianischen Union]] zustehen und nun mit allen Mittel versuchen die Cardassianer zu verteiben. (''[[{{DS9]]: "''[[|Der Maquis, Teil I]]"''}})

Obwohl Deep Space 9 selbst nicht in der EMZ liegt, sondern im benachbarten bajoranischen Bajor-System, ist die Station dennoch Schauplatz für einige der spektakulärsten Aktionen des Maquis. Dazu gehört gehören die Geiselnahme von Gul Dukat im Jahr 2370, als er sich dort mit Commander Sisko trifft , um die Lage in der Demilitarisierten Entmilitarisierten Zone zu besprechen, oder der Diebstahl der USS ''Defiant''. Eine andere spektakuläre Aktion findet zwei Jahre später statt, als es dem Maquis gelingt eine Schiffsladung mit [[Replikator|Industriereplikatoren]] der Föderation zu stehlen, die als Hilfslieferung in Folge des [[Klingonisch-Cardassianischer Krieg|Klingonisch-Cardassianischen Krieges]] für die Cardassianische Union bestimmt waren. Im Verlaufe Verlauf dieser Ereignisse stellt sich außerdem heraus, dass der [[Sicherheitschef]] der Sternenflotte auf Deep Space 9, [[Michael Eddington]] , mit dem Maquis sympathisiert und , dem er sich später sich ihm auch anschließt. (''[[{{DS9]]: "[[|Der Maquis, Teil I]]", "[[|Defiant (Episode)|Defiant]]", "[[In eigener Sache]]"''}})